Estamos ante un conjunto de gran complejidad, debido a las numerosas modificaciones sufridas desde su fundación. A la lógica dinámica de reformas operada en un monasterio a lo largo de varias centurias, debe unirse las transformaciones subsiguientes a la Desamortización de 1836 para cambiar su funcionalidad, adaptándose como Museo –para albergar las obras de arte de los conventos suprimidos-, Academia de San Carlos a partir de 1848 y Escuela de Bellas Artes y también Escuela de Artes y Oficios Artísticos hasta 1986.